Доработка файла .htaccess
Всего в файле такие модификации:
1) Запрет просмотра .htaccess;
2) Переадресация с протокола https на http;
3) Переадресация со страниц с www на без www.
4) Убрал все index.php заменив просто на слеши /;
5) Сделал переадресацию с *.php/bla-bla/ просто на *.php;
6) Еще можно убрать открытик сайта с точкой после домена, но на данный момент у меня это на автомате реализуется в скриптах.